Les outils du paysagiste japonais sont indispensables pour créer un jardin zen. Les bonsaïs et kokedamas sont les deux principaux outils utilisés par les paysagistes japonais. Les bonsaïs sont des arbres miniatures cultivés dans des pots. Ils peuvent être taillés et sculptés pour prendre la forme souhaitée. Les kokedamas sont des plantes en pot entourées de mousses et de racines nouées ensemble. Elles sont généralement suspendues au plafond ou à l’extérieur d’une maison.